但是厄运很快就到来了，1958年2月6日载着曼联球员、球迷及随队记者的英国欧洲航空公司第609次航班空速“大使”型专机，在西德慕尼黑机场积雪的跑道上第三度尝试起飞时失败撞毁，机上四十四名乘客及机组人员当中二十三人罹难，罹难者包括八名曼联球员及三名职员，这就是举世皆惊的慕尼黑空难，曼联从此陷入了万劫不复的深渊之中，黑暗笼罩其头顶多年未散，直到一个叫做弗格森的人出现，才终于让曼联看到了曙光。

1986/1987赛季开始后阿特金森执教的曼联队战绩糟糕，在积分榜的末尾徘徊，联赛杯又早早的出局，足总杯也被淘汰。曼联在11月份做出决定，亚历克斯·弗格森成为了曼联的新主帅。在此之前弗格森在苏格兰的执教成绩很有说服力，他率领阿伯丁队打破了凯尔特人和格拉斯哥流浪者轮流坐庄的局面。在执教阿伯丁的八年中，弗格森率队三夺苏格兰联赛冠军、四次苏格兰杯和一次苏格兰联赛杯还夺取了欧洲优胜者杯冠军。

很多年后在为《曼联大典》搞宣传进行的一次专访中，弗格森点了五名他心目中的世界级球星，吉格斯、舒梅切尔、坎通纳、基恩和斯科尔斯，意犹未尽之下，又加了俩，分别是鲁尼和C罗，凑成神奇七勇士，曾为曼联立下殊功的贝克汉姆、范尼和斯塔姆不在此列，甚至为他打下江山的布赖恩·罗布森、休斯等名宿也落选了。

弗格森说：“我在这里那么些年，真是指挥过不少世界级球员，舒梅切尔肯定是一个。吉格斯绝少不了，坎通纳本来可以更好，但他身上有些毛病你得时时留神提防，加上鲁尼是四个，还有C·罗纳尔多，五个。”弗格森钟爱罗纳尔多，还未数到基恩和斯科尔斯就夸开了葡萄牙小将：“他的位置最艰难，从不拒绝拿球过人，两脚都好使，很勇敢，一旦他做决定的能力提高了，将是世界级球员。还有基恩，这就六个了，斯科尔斯可能有点争议，但他是我们历代阵容中最聪明的中场。”

在弗格森最后的一本自传中，他虽然也提到了不少自己的所作所为，但却自始至终认为自己做的最了不起的事情就是将利物浦从王座上驱赶了下去，这才是最大快人心的事情。

而弗格森爵士的成就也不需要多说，每个球迷都该或多或少的知道他在曼联所做的一切，几乎可以说弗格森就是曼联，他们之间已经成为了不可分割的整体。

但在2013年5月19日曼联在2012/2013赛季最后一场比赛中客场五比五战平西布罗姆维奇，主教练亚历克斯·弗格森爵士正式宣布退休，随后前埃弗顿主帅大卫·莫耶斯接替了他的位置。

2013年7月1日.莫耶斯正式履行他在曼联为期六年的合同。在2013年8月11日英格兰社区盾在新温布利大球场进行，由上届联赛冠军曼联对阵上届足总杯冠军维根，结果凭借范佩西的梅开二度，曼联成功获得社区盾冠军，为2013-2014赛季开了一个好头。

尽管开了一个好头，但随着时间的深入，曼联的成绩并没有因为这一个好的开局保持下去，相反在联赛成绩并不理想，尤其进入2014年以后，曼联联赛成绩出现明显的下滑，战绩异常糟糕，尽管2014年冬季转会窗口以创俱乐部天价从切尔西引进马塔，希望提升联赛成绩，但效果不佳，联赛排名始终徘徊至第六第七之间。