2009-2010赛季鲁尼在英超联赛一开始就展现出极强的进攻欲望，在前六轮比赛便打进六球。

2009年8月23日其中在对阵维根比赛中的进球是鲁尼在曼联的第一百个进球，2009年11月28日鲁尼在曼联四比一击败朴茨茅斯的比赛中上演帽子戏法，这是鲁尼五年以来的第一个帽子戏法。

2010年鲁尼的状态更为神勇，连续进球，而且多次利用原本不擅长的头球破门，在连续对阵死敌阿森纳和曼城的比赛中，鲁尼都有进球，最终鲁尼率领曼联赢得2009-2010赛季的英格兰联赛杯冠军。在欧冠曼联对阵AC米兰的比赛中，鲁尼在两回合总共打进四球，帮助曼联进入欧冠八强，但弗格森对鲁尼的过度使用最终收到恶果。

2010年3月30日在曼联客场挑战拜仁慕尼黑的欧冠四分之一决赛中，虽然鲁尼开场不久就打入一球，但在比赛临近尾声时，鲁尼在拼抢时脚踝严重受伤，最终曼联被对手绝杀一比二告负。随后鲁尼伤停，曼联在欧冠最终以客场进球数少的原因被淘汰出局，英超联赛上，又以一分之差屈居联赛亚军。在这个赛季，鲁尼打出加盟曼联以来最好的状态，联赛打进二十六球，各项比赛打进三十四球。在赛季结束时囊获了PFA年度最佳球员、PFA球迷选年度最佳球员和英国足球记者协会最佳球员这三大奖项。

2010-2011赛季鲁尼在所参加的第二届世界杯中表现依然低迷，一球未进。回到曼联后状态依然起伏不定，而曼联在2010年夏季转会只买进了哈维尔·埃尔南德斯、克里斯·斯莫林和贝贝三个年轻球员，这让鲁尼对于曼联的阵容十分不满意，一度产生了转会风波，2010年11月20日曼联对阵威根竞技的比赛中，鲁尼在转会风波后首次代表曼联出场。

进入2011年以后，鲁尼和曼联的状态均有回升，在客场对阵西布朗维奇的比赛中，鲁尼一传一射帮助球队绝杀对手。在2011年2月1日曼联对阵曼城的关键比赛中，鲁尼打进致胜进球，这个进球是鲁尼职业生涯最精彩的进球，后来也被评为英超二十年最佳进球。随后在曼联对阵西汉姆联的比赛中，鲁尼上演帽子戏法，帮助曼联四比二逆转取胜，最终曼联在赛季结束时获得俱乐部历史上的第十九个顶级联赛冠军，超越了利物浦的纪录。